تولى اللواء الألفي منصب وزير الداخلية في الفترة من ١٨ أبريل 1993 إلى ١٨ نوفمبر 1997 خلفاً للواء محمد عبدالحليم موسى وأقيل عقب مذبحة الدير البحري في الاقصر في اليوم السابق لإقالته ،ليتولى اللواء حبيب العادلي الوزارة، ويعد الألفي وزير الداخلية الخامس في عهد مبارك والوحيد الذي لم يأت من جهاز مباحث أمن الدولة حيث عمل قبل توليه الوزارة محافظاً لأسيوط ثم محافظاً لسوهاج (٨٨- ٩٣) وكان ينتمي إلى الإدارة العامة لمكافحة جرائم الأموال العامة قبل اختياره محافظاً ثم وزيراً للداخلية.